社会科学研究所では、所員の大半が参加し、所外の研究者とネットワークを組んで行う大規模な共同研究、「全所的プロジェクト研究」を実施している。これまでのテーマは、「基本的人権」、「戦後改革」、「ファシズム期の国家と社会」、「福祉国家」「転換期の福祉国家」、「現代日本社会」、「20世紀システム」「失われた10年？—90年代日本をとらえなおす」であり、それぞれ2巻から8巻の成果物を、東京大学出版会から刊行してきた。
現在は2005年4月に発足した二つの全所的プロジェクト、「地域主義比較（CREP）」と「希望学」が進行中である。どちらも1−2年後に成果を書物の形で発表する予定であるが、研究のプロセスは随時それぞれのホームページで公開している。
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